秘密証書遺言は自筆証書遺言と公正証書遺言の間のような性質をもっております。
まず、遺言者が遺言内容を紙に記載し、署名押印します。（自筆証書遺言とは違い、内容はパソコンOK）そして、その印章と同じもので封印をします。そして、証人2人を連れて公証役場に行き、自己の遺言である旨、その筆者（他人に書いてもらったらパソコンを操作した人になる場合もあり）の氏名・住所の申述をします。公証人がその封書を提出した日付及び遺言者の申述を封紙に記載し、遺言者及び証人がこれに署名押印をします。この時、公証人の手数料は一律11,000円です。
秘密証書遺言のメリットは遺言書を公証人へ提出し、認証文や封筒の写しが公証役場に保管されているため、偽造のおそれがありません。また、秘密証書遺言としての要件を欠く場合、例えば、証人が一人しかいないときや、封をした印章が異なるとき等は自筆証書遺言の要件が備わっていたら、自筆証書遺言として有効となります。